可可托海镇位于阿勒泰地区富蕴县西北部，距富蕴县城距离52公里，至新疆首府乌鲁木齐约540公里。地理位置为东经88°50′，北纬47°20′，可可托海镇为山地，海拨1200米左右，属大陆性寒温带干旱气候，冬寒夏凉，素有"中国寒极"之称。最冷的一月份平均气温37℃，最热的七月份平均气温25℃，极端最低气温-51.5℃。